Molekylär medicin

The molecular medicine group is looking for a project leader with competence in bioinformatics

2016-12-15

Projektledare med kompetens i bioinformatik

Forskargruppen i molekylär medicin (http://molmed.medsci.uu.se) vid Institutionen för medicinska vetenskaper, Uppsala universitet har haft en ledande roll vid utveckling av metodik för analys av genetisk variation och för etablering av storskaliga SNP-analyser och ”nästa generationens” DNA sekvensering  (NGS) i Sverige. Gruppen som leds av prof Ann-Christine Syvänen består av doktorander, forskningsingenjörer och disputerade forskare som är engagerade i genetiska och epigenetiska studier av i barnleukemi och autoimmunitet med hjälp av både experimentella och bioinformatiska metoder.  Gruppen i molekylär medicin är samlokaliserad med SNP&SEQ-teknologiplattformen, som är en del av den nationella infrastrukturen för genomik vid Science for Life Laboratoriet (SciLifeLab) vid Biomedicinskt centrum (BMC) i Uppsala.  SciLifeLab (http://www.scilifelab.se) är ett nationellt resurscentrum som utvecklar, utnyttjar och tillhandahåller avancerade teknologier och kunnande inom de molekylära biovetenskaperna. Forskargruppen i molekylär medicin har således goda möjligheter till interaktioner med andra grupper som är intresserade av genomik inom SciLifeLab och lätt tillgång till modern teknologi, kurser, seminarier och andra aktiviteter vid SciLifeLab.

Forskargruppen i molekylär medicin önskar nu rekrytera en projektledare med kompetens i bioinformatik till sitt helgenomsekvenserings (WGS)-projekt i akut barnleukemi (ALL). Projektet är ett av de nationella WGS-projekten som delfinansieras av SciLifeLab. Inom ALL-projektet fungerar gruppen som pilotanvändare för en ”pipeline” för analys av cancerprover som utvecklats inom SciLifeLab, samt för det nya forskningsklustret ”Bianca” vid SNIC-UPPMAX.  Vi erbjuder således ett spännande arbete och erfarenhet som ledare för ett forskningsprojekt i framkanten av cancergenomiken till en erfaren bioinformatiker.

Arbetsuppgifter

  • Att säkerställa projektets framåtskridande 
  • Att leda och utföra bioinformatiska analyser av WGS-data från patienter med ALL tillsammans med kunniga bioinformatiker i gruppen för molekylär medicin och vid SciLifeLab.
  • Att utarbeta en strategisk plan för data-analyserna tillsammans med en bioinformatiker med erfarenhet av ALL.
  • Att utföra analyser av WGS-data från leukemipatienter vid SNIC-UPPMAX
  • Att ge återkoppling till utvecklingsgruppen om data-analysverktygets funktionalitet genom att aktivt delta i utvecklingsprocessen.
  • Att följa litteraturen inom cancergenomiken.
  • Att presentera projektet på relevanta externa seminarier och konferenser samt vid gruppens interna möten.
  • Att delta i att skriva publikationer på basen av analysresultaten.
  • Att följa upp projektet genom interaktion med personal vid SNP&SEQ-plattformen och forskningsingenjörer i  gruppen.
  • Att vid behov delta i övriga projekt som pågår inom forskargruppen.

Kvalifikationskrav

Doktorsexamen (PhD) i molekylärbiologi, molekylärgenetik, molekylär bioteknologi, molekylär evolution, bioinformatik eller annat relevant område samt gedigen erfarenhet av bioinformatiska analyser av genomdata. Tidigare erfarenhet av projektledning samt erfarenhet av att leda andra.

Goda programmeringskunskaper, t.ex. i R, Perl och Python.  God förmåga i att uttrycka sig på svenska och engelska i tal och skrift. Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper såsom förmåga till självständigt arbete, kommunikationsförmåga och samarbetsförmåga,  förmåga att arbeta välstrukturerat och målmedvetet. Kunskap om de experimentella genomikmetoderna samt om cancergenomik och molekylär evolution anses meriterande.

Lön: Enligt överenskommelse; Tillträde : Snarast möjligt; Anställningsform: Tidsbegränsad anställning 1 år; Omfattning: 100%

Upplysningar om anställningen:  

Professor Ann-Christine Syvänen, ann-christine.syvanen@medsci.uu.se, Tel 070-1679445,

Sista ansökningsdag : 12 jan 2017

Nyheter